掃描儀普及率逐年提高，但作為外設故障率較高且成因複雜。平板掃描儀最受歡迎、壽命最長；其次滾筒式，手持式較短，源於內部結構與使用方式不同。工作方式：光源照射原稿產生高亮度反射光，經反射鏡與透射鏡由分光鏡色彩分離，照射到 CCD（電荷耦合元件）上。CCD 將光訊號轉電訊號傳送至電腦，是關鍵配件，品質直接影響掃描性能。主要組件：感光器件（光轉電）、大功率日光燈管（強烈照射）、驅動馬達（帶動燈管掃描）、驅動皮帶（協助馬達）、模數訊號轉換器（類比轉數位）。
確認故障方法：觀察法（查看故障原因找出問題部件）、測試法（實際操作定位問題）、篩選法（多個可能故障點時縮小範圍確定具體部位）。綜合運用通常能快速找到故障根源對症下藥。
最常見故障。先用觀察法檢查電源及線路介面是否正確連接，確認先開掃描儀電源再啟動電腦。步驟無誤可按 Windows「裝置管理員」重新整理，查看掃描儀是否完成自檢、綠色指示燈是否穩定亮起。指示燈穩定可排除掃描儀本身故障。指示燈持續閃爍說明狀態異常，應重新安裝最新驅動程式。同時檢查裝置管理員中掃描儀是否與其他設備產生衝突（IRQ 或 I/O 位址），有衝突需更改。此類故障無外乎線路、驅動程式、埠口衝突三種。
開啟電源後 Ready 燈不亮，先檢查內部燈管。燈管已亮可能與室溫有關，解決方法：讓掃描儀通電半小時後關閉，等待一分鐘再重開機即可解決。若仍無法運作，先關閉掃描儀斷開電腦連線，將 SCSI ID 設為 7，約一分鐘後再開啟掃描儀。冬季氣溫低建議使用前先預熱數分鐘，可有效避免開機後 Ready 燈不亮。
先檢查平板玻璃是否髒污，髒則用乾淨布或紙擦拭，切勿用酒精等液體，否則掃描圖像出現彩虹色干擾。玻璃無誤則檢查分辨率設定——如 300dpi 掃描儀掃 1200dpi 以上影像會模糊，因相當於將單一像素放大四倍。確認顯示器設定是否 16bit 色以上。掃描印刷品因網紋產生一定模糊可理解，可透過掃描儀附屬軟體或 Photoshop 等影像軟體修正。
可先調節顯示器亮度、對比度和 Gamma 值。Gamma 值越高色彩層次越豐富。也可在掃描儀附屬軟體調整 Gamma 值。注意若在 Photoshop 等後製軟體調整 Gamma 屬「事後修正」，應根據掃描完成照片具體情況設定。掃描儀附屬軟體中：一般用途 Gamma 1.4、印刷用 1.8、網頁照片 2.2。掃描儀每次使用前應進行色彩校正，否則極可能造成圖像失真。也可針對驅動程式對話框亮度/對比度選項細緻調節。
掃描儀問題通常體現於掃描效果上，多為軟體故障。不同掃描儀對軟體故障有不同解決方式，可善用相關軟體修正。硬體故障主要涉及介面和線路問題，確保線路連接順暢、埠口設定正確、使用最新驅動程式，通常能輕鬆解決。