iPhone 6s 出廠運行 iOS 8，發布會後可升級 iOS 9。核心升級：1200 萬像素後鏡頭、500 萬前鏡頭、2GB RAM、A9 晶片、3D Touch 壓力感應屏、7000 系鋁合金機身、玫瑰金新配色、Touch ID 二代、電池容量提升。

外觀延續圓弧過渡設計，電源鍵移至右側，音量鍵改為橢圓形，厚度微增。售價與上代持平。