檢查注冊表
注冊表一直都是很多木馬和病毒“青睐”的寄生場所，注意在檢查注冊表之前要先給注冊表備份。
1、 檢查注冊表中HKEY_LOCAL_MACHINE＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Run和HKEY_LOCAL_MACHINE＼Software＼Microsoft＼Windows＼CurrentVersion＼Runserveice，查看鍵值中有沒有自己不熟悉的自動啟動文件，擴展名一般為EXE，然後記住木馬程序的文件名，再在整個注冊表中搜索，凡是看到了一樣的文件名的鍵值就要刪除，接著到電腦中找到木馬文件的藏身地將其徹底刪除?比如“愛蟲”病毒會修改上面所提的第一項，BO2000木馬會修改上面所提的第二項)。
2、 檢查注冊表HKEY_LOCAL_MACHINE和HKEY_CURRENT_USER＼SOFTWARE＼Microsoft＼Internet Explorer＼Main中的幾項(如Local Page)，如果發現鍵值被修改了，只要根據你的判斷改回去就行了。惡意代碼(如“萬花谷”)就經常修改這幾項。
3、檢查HKEY_CLASSES_ROOT＼inifile ＼shell＼open＼command和HKEY_CLASSES_ROOT ＼txtfile＼shell＼open＼command等等幾個常用文件類型的默認打開程序是否被更改。這個一定要改回來，很多病毒就是通過修改.txt、.ini等的默認打開程序而清除不了的。例如“羅密歐與朱麗葉”?BleBla病毒就修改了很多文件(包括.jpg、.rar、.mp3等)的默認打開程序。
檢查你的系統配置文件
其實檢查系統配置文件最好的方法是打開Windows“系統配置實用程序”(從開始菜單運行msconfig.exe)，在裡面你可以配置Config.sys、Autoexec.bat、system.ini和win.ini，並且可以選擇啟動系統的時間。
1、檢查win.ini文件(在C?＼windows＼下)，打開後，在?WINDOWS?下面，“run=”和“load=”是可能加載“木馬”程序的途徑，必須仔細留心它們。在一般情況下，在它們的等號後面什麼都沒有，如果發現後面跟有路徑與文件名不是你熟悉的啟動文件，你的計算機就可能中上“木馬”了。比如攻擊QQ的“GOP木馬”就會在這裡留下痕跡。
2、檢查system.ini文件(在C:＼windows＼下)，在BOOT下面有個“shell=文件名”。正確的文件名應該是“explorer.exe”，如果不是“explorer.exe”，而是“shell= explorer.exe 程序名”，，那麼後面跟著的那個程序就是“木馬”程序，然後你就要在硬盤找到這個程序並將其刪除了。這類的病毒很多，比如“尼姆達”病毒就會把該項修改為“shell=explorer.exe load.exe -dontrunold”。
