系統目錄存放核心作業系統檔案，直接影響系統穩定。本文詳細說明 Windows 98/ME (Windows 目錄) 與 Windows 2000 (WinNT 目錄) 下主要子資料夾的功能差異。
| 資料夾 | Windows 98/ME | Windows 2000 |
|---|---|---|
| All Users | 所有使用者預設桌面與開始選單 | 無，改放於 Documents and Settings\All Users |
| Application Data | 應用程式資料 (快捷方式、輸入法檔案等) | 每個使用者在 Documents and Settings\使用者\Application Data 有獨立資料夾 |
| Applog | 應用程式邏輯檔 (記錄程式執行呼叫檔案、位址) | 同樣存在 |
| Catroot | 電腦啟動測試資訊 | 位於 WinNT\system32\Catroot |
| Command | DOS 外部命令工具 | 位於 WinNT\system32 |
| Config | MIDI 樂器定義檔 | 同 |
| Cookies | 網站留存的 Cookie (帳號、網址等) | 每使用者在 Documents and Settings\使用者\Cookies |
| Cursors | 滑鼠動畫檔 | 同 |
| Desktop | 桌面圖示 | 系統目錄有，但實際桌面在 Documents and Settings\使用者\桌面 |
了解各版本系統目錄差異，有助於正確定位設定檔、進行備份移轉或疑難排解。Windows 2000 以降採用 Documents and Settings 集中管理使用者資料，架構更清晰。