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《Msconfig也要清潔》一文中提到，在使用Msconfig程序優化系統之後，再打開Msconfig之後，會發現“啟動”選項卡中還有已被刪除程序的啟動選項。我們可以打開注冊表編輯器窗口，依次展開[HKEY_LOCAL _MACHINE\Software\Microsoft\Shared Tools\ Msconfig]分支，將Startupreg子鍵下的所有選項全部刪除即可。但該方法經測試只對Windows 2003有效。
　　事實上，Windows 98/2000/XP中Msconfig 中的垃圾，都保存在注冊表[HKEY_LOCAL _MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run-]這個分支裡，只要將該分支下的所有子鍵全部刪除，Msconfig程序“啟動”選項卡中的垃圾就會消失。