Windows 9x 內建的「磁碟掃描程式」對使用者並不陌生，它位於「程式集」→「附屬應用程式」→「系統工具」中，系統非正常關機重開機時也會自動執行。這個工具究竟在掃描什麼？簡單來說，就是偵測並修正磁碟錯誤。磁碟常見的錯誤主要有兩類：「遺失的檔案碎片（遺失叢集）」與「交叉連結檔案」。
嚴格而言，應稱為「遺失的叢集」。叢集是系統讀寫檔案的基本單位。當作業系統認為某叢集已被檔案佔用，但實際上沒有任何檔案使用它，該叢集就會被標記為「已使用」而無法分配給新檔案，導致空間浪費，這就是所謂的遺失叢集。
叢集大小視儲存媒體而定：3.5 吋軟碟固定為 1 個扇區（512 位元組）；硬碟則依分割區大小決定，分割區越大叢集越大（上限 32 KB）。即使檔案只有 1 位元組，系統仍會分配一整個叢集。
遺失叢集的成因：檔案刪除時，FAT 表（檔案配置表）應釋放對應叢集，但若因病毒、斷電、非正常關機等原因導致 FAT 表未正確更新，這些叢集就會「遺失」。
FAT 表記錄磁碟上每個叢集的使用狀態，系統據此分配空間給新檔案。
指兩個以上的檔案共用同一個叢集。因為一個叢集同一時間只能屬於一個檔案，這種交叉會導致資料損壞，檔案內容可能錯亂或遺失。
病毒、斷電、非正常關機、實體壞軌等都可能導致錯誤。修復工具除 Windows 內建的磁碟掃描程式、Windows XP 的 Chkdsk 外，第三方工具如 Norton Disk Doctor 也相當有效。